Günümüzde çok sayıda tek gen hastalığı PGT işlemiyle embriyolarda tanımlanabilmektedir. Embriyolarda tanımlama yapılabilmesi için detaylı ön hazırlık çalışmalarının yapılması gerekmektedir. Anne, baba ve varsa hasta çocuktan kan alınarak genetik hastalığa sebep olan mutasyon (bozukluk) tespit edilir. Mutasyon daha önceden tespit edilmiş ise doğrulanır.
Embriyolarda genetik tanı için söz konusu genetik bölgeyi çoğaltmak amacıyla primer adı verilen biyolojik ajanlar (kısa DNA fragmanları) dizayn edilir. Primerler tek hücrede (lenfosit, yanak içi hücreleri) denenir, çalışma koşulları optimize edilir ve embriyolarda PGT işlemine hazır hale getirilir.
Tekniğin getirdiği global problemleri (ADO-Alel Drop Out, kontaminasyon, amplifikasyon başarısızlığı, rekombinasyon) aşmak ve sonuçların güvenilirliliğinden emin olmak amacıyla, uluslararası standartlarda belirtilen yönergelere uymak ve güvenlik tedbirlerini almak gerekmektedir (çift blastomerle çalışmak, polar body-kutup cisimciğini blastomer ile beraber çalışmak, genetik bölgeye yakın marker adı verilen işaretçilerle söz konusu genetik bölgeden elde edilen sonuçları doğrulamak).
Biyopsiyle alınan blastomerler (embriyo hücreleri) PCR adı verilen yöntemle analiz edilirler. Bu metot, ailede tek gen hastalığına sebep olan mutasyonun yani bozukluğun embriyolarda da tespit edilebilmesi için, söz konusu genetik bölgenin milyonlarca kopya halinde çoğaltılması prensibine dayanmaktadır. PCR sonrası mutasyonların tespiti için hızlı, kolay ve güvenilir sonuçlar verebilen bir metot tercih edilmesi önem arz etmektedir. Bu amaç için en uygun metot, halihazırda dünyadaki bir çok PGT merkezinin tercih ettiği Minisequencing metodudur. Bu metot birden fazla mutasyonun bir arada ve aynı zamanda tespitine de olanak tanıdığından merkezimiz tarafından da tercih edilmektedir.
Embriyoların dış ortamda kısıtlı bir süre yaşamını sürdürebileceği gerçeği göz önünde bulundurularak, genetik tanının mümkün olan en kısa sürede konulması gerekmektedir. Tanı genellikle 1 – 1,5 gün içerisinde konulabilmektedir. Bunun için ileri teknoloji Genetik Analizörlerin, hızlı ve kolay yapılabilen analiz yöntemlerinin kullanılması gerekmektedir. Doğru tanı PGT işleminde hayati önem arz etmektedir. Yanlış tanı riskini ortadan kaldırabilmek için zaruri önlemlerin alınması gerekmektedir. Çalışmaya en az iki negatif kontrol ve bir pozitif kontrol dahil edilmelidir. Mutasyon analiziyle elde edilen sonuçlar aynı anda çalışılabilen ikinci bir metotla daha teyit edilmelidir. Bunun için bağlantı analizi denilen metot kullanılmaktadır. Tanı şüphesi bulunan bir embriyonun transferi yapılmamalıdır. Transfer için seçilen embriyolar, sağlıklı olduğu her iki metotla da doğrulanan, kontaminasyon şüphesi bulunmayan embriyolar olmalıdır.